嘉庚学院实行董事会领导下的院长负责制。作为学校的决策机构，董事会全权负责学校的管理运作。董事长为学校法定代表人。学校设立由院长主持的院务会，研究决定学校的发展规划、教育教学改革、师资队伍建设和对外合作与交流等各项重大决策，并负责评估、监察学校的教学、科研和行政管理工作。学校现设有20个教学科研单位和若干个管理部门。